2009年12月15日，穗深城際鐵路將正式開通運營，成為溝通廣州、東莞、深圳三市的快速軌道交通通道。

穗深城際鐵路在新塘南站經既有廣深城際鐵路接入廣州東站，乘客從廣州市內交通樞紐廣州東站到深圳機場站最快僅需1小時11分鐘，從新塘南站到東莞西站最快僅需11分鐘，從新塘南站到深圳機場站最快僅需53分鐘。

穗深城際鐵路正線全長73.996公里，設計時速140公里/小時。全線設新塘南站、中堂站、望牛墩站、東莞西站、洪梅站、東莞港站、厚街站、虎門北站、虎門東站、長安西站、長安站、沙井西站、福海西站、深圳機場北站、深圳機場站共15個車站。穗深城際鐵路票價與廣深城際鐵路票價基本相當。

開通運營初期，穗深城際鐵路每日最多開行37趟動車組列車，其中廣州東站往返深圳機場站33趟，新塘南站往返深圳機場站4趟。日常開行33趟，其中廣州東站往返深圳機場站29趟，新塘南站往返深圳機場站4趟。

穗深城際鐵路是連接廣州中心區、東莞核心組團、深圳西部濱海地區的城際軌道骨干線路，串聯了珠江東岸各大經濟發達城市組團，為構建粵港澳大灣區“1小時經濟生活圈”、打造世界級城市群發揮重要作用。

此外，大灣區另一條重要城際鐵路——珠機城際鐵路一期(拱北至橫琴段)也即將通車。元旦春節打算到珠海旅游的朋友，或將可經珠機城際鐵路直達珠海熱門景點長隆度假區。